25/Ene/07

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Las secuencias prohibidas de ADN

Según un grupo de investigadores puede haber secuencias genéticas prohibidas que sean tan malignas que no son compatibles con la vida.

A diferencia de los típicos proyectos de secuenciación de genomas de diversas especies animales o vegetales, la meta de este grupo es identificar secuencias de aminoácidos tan perjudiciales para la vida que simplemente no se dan en ningún genoma.

"Es como buscar una aguja en un pajar que ni siquiera está ahí" afirman Greg Hampikian, profesor de genética en Boise State University (Idaho) y que es el líder del poryecto. Según él, debe de haber secuencias de ADN que no sean compatibles con la vida, porque quizás la proteína codificada por dicha secuencia anula algún componente celular esencial, y por tanto debe de haber sido eliminada por la selección natural hace mucho tiempo. También debe de haber además algunas secuencias que son letales en unas especies y no en otras.

Para realizar esta tarea Hampikian y sus colaboradores han desarrollado un software que calcula todas las posibles secuencias de nucleótidos de cierta longitud y las buscan en las bases de datos del Banco Genético de Instituto Nacional de la Salud de EEUU.

Aquellas secuencias que no se dan en unas especies y sí en otras las han denominado "nulómeros" mientras que aquellas que no están en ninguna especie las llaman "primas" (¿por una extraña analogía con los números primos?).

Hasta el momento han encontrado 86 de esas secuencias de 11 nucleótidos en el genoma humano. Y en total han identificado, hasta la fecha unas 60.000 primas de 15 nucleótidos y 746 proteínas que son "peptoprimos". Un péptido es una proteína pequeña de unos pocos aminoácidos. Los "peptoprimos" son péptidos de cinco aminoácidos que nunca se han encontrado en ninguna especie. Esto representa el conjunto más grande de secuencias primas letales, pues si se encuentra una de ellas en una especie entonces sale de la lista de primas para pasar a la de nulómeros. Esperan que el número disminuya con el tiempo según se den estos casos al ampliarse las bases de datos.

Estos datos fueron reportados en el congreso sobre bioinformática en Mauai (Hawai) hace poco.

Si estas secuencias tienen un significado biológico para los organismos vivos es desconocido. El próximo paso es probar 20 "peptoprimos" en bacterias y células humanas cultivadas para ver si tienen algún efecto, para ver si les causa la muerte o si provocan una reacción inmunitaria.

Hampikian cree que las aplicaciones de este trabajo puedan ser muy amplias. Ya ha recibido una subvención de un millón de dólares del departamento de defensa para desarrollar una etiqueta de ADN segura que pueda ser añadida a muestras de referencia en casos criminales, para distinguirlas de las muestras forenses. Esa etiqueta no tendría por qué ser letal, pero si se basa en "primas" podría ser detectada con una simple prueba.

Yendo más allá se podría crear un "gen suicida" construido a partir de secuencias "primas" letales que se podría añadir a organismos transgénicos, y que los eliminaría más tarde en caso de ser demasiado peligrosos para el medio ambiente.

Fuente: Neofronteras, New Scientist. Aportado por Eduardo J. Carletti