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Reconstruyen el proceso de creación rápida de nuevas especies de bacterias en la naturaleza

Nuevos datos apoyan la teoría de que tras la aparición de la vida en la Tierra la diversificación microbiana fue muy rápida. El estudio del CSIC, en colaboración con el Instituto de Craig Venter, ha sido publicado en la revista «The ISME Journal».

Un estudio internacional liderado por el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) ha podido reconstruir al detalle el proceso de creación de una nueva especie de bacteria en la naturaleza. El trabajo, publicado en la revista The ISME Journal y realizado en colaboración con el Instituto de Craig Venter y la Universidad de Pennsylvania, ha tomado como modelo de estudio a las bacterias verdes del azufre que viven en los fondos sin oxígeno del lago de Banyoles (Girona).

El proceso que permite a los microbios desarrollar resistencia a antibióticos, y transformar cepas bacterianas inocuas en otras más peligrosas, es un mecanismo de diversificación que tiene lugar mediante el intercambio de material genético entre bacterias. “En nuestro estudio hemos podido observar in situ cómo este intercambio condiciona el éxito o el fracaso de una población de bacterias en la colonización de nuevos ambientes y cómo, mediante segregación ecológica, aparece una nueva especie rápidamente”, explica el investigador del CSIC Emilio Casamayor, del Centro de Estudios Avanzados de Blanes.

Estas especies exitosas en la naturaleza suelen resistirse a ser domesticadas y estudiadas en cultivos de laboratorio. Los investigadores responsables de este estudio han salvado esa dificultad aplicando técnicas de metagenómica en el ADN extraído de las aguas más profundas del lago de Banyoles y mediante reconstrucción bioinformática.







“Una vez purificado, fragmentado y secuenciado el ADN, reconstruimos mediante simulación por ordenador las piezas específicas del genoma de esta bacteria exitosa. No disponemos del organismo en sentido estricto, pero sí hemos podido acceder a los secretos que esconde su código genético y entender las estrategias de su éxito”, añade.

Ese éxito radica en los genes que las bacterias han ido tomando prestados de otras especies mediante mecanismos naturales, posiblemente virus infecciosos que también han sido identificados en el estudio, y que les permiten mejorar sus estrategias de captación de luz y poder vivir en el fondo del lago rico en azufre y casi a oscuras.

“La gran capacidad de dispersión de las bacterias y sus números astronómicos junto a estos mecanismos de sexualidad generan un sinfín de combinaciones posibles de acceso a fragmentos de material genético que aceleran extraordinariamente la evolución microbiana”, concluye el investigador.

La bacteria verde del azufre fue una de las primeras formas de vida en la Tierra que desarrollaron la capacidad de realizar la fotosíntesis con ácido sulfhídrico (H2S) y de fijar dióxido de carbono con la energía de la luz. Ahora, con los resultados obtenidos por este estudio, Casamayor y el resto del equipo de investigadores apoyan la teoría que una vez que la vida apareció en la Tierra, la diversificación de la vida microbiana pudo ser muy rápida.

Tomàs Llorens–Marès, Zhenfeng Liu, Lisa Zeigler Allen, Douglas B Rusch, Matthew T Craig, Chris L Dupont, Donald A Bryant, and Emilio O Casamayor. Speciation and ecological success in dimly lit waters: horizontal gene transfer in a green sulfur bacteria bloom unveiled by metagenomic assembly. The ISME Journal. DOI: 10.1038/ismej.2016.93

Fuente: CSIC. Aportado por Eduardo J. Carletti

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MIT: "La más grande de las Cinco Extinciones Masivas fue causada por microbios"

La evidencia que quedó en la escena del crimen es abundante y global: Los restos fósiles muestran que en algún momento hace alrededor de 252 millones de años, más o menos el 90 por ciento de todas las especies de la Tierra fueron súbitamente aniquiladas. Por lejos, la mayor de las cinco extinciones masivas conocidas de este planeta. Pero determinar el culpable ha sido difícil y controvertido

En marzo pasado, un equipo de investigadores del MIT podría haber encontrado pruebas suficientes para condenar a los culpables; pero se necesita un microscopio para ver a los asesinos.

El caso de los investigadores se basa en tres conjuntos independientes de pruebas. En primer lugar, la evidencia geoquímica muestra un aumento exponencial (o incluso más rápido que eso) de dióxido de carbono en los océanos en el momento de la llamada extinción de finales del Pérmico. En segundo lugar, la evidencia genética muestra un cambio en los Methanosarcina en ese momento (un género de microorganismos del dominio Archaea), que les permitió convertirse en importantes productores de metano a partir de una acumulación de carbono orgánico en el agua. Finalmente, los sedimentos muestran un aumento repentino en la cantidad de níquel depositada exactamente en este momento.

Los autores, este nuevo trabajo dicen que no fueron asteroides, volcanes, o furiosos incendios de carbón, todos los cuales han sido previamente culpados. Más bien fue una forma de microbios —específicamente, arqueas productoras de metano llamadas Methanosarcina— que de repente florecieron de forma explosiva en los océanos, arrojando enormes cantidades de metano a la atmósfera y cambiando radicalmente el clima y la química de los océanos.

De acuerdo con este nuevo escenario, los volcanes no fueron del todo inocentes; simplemente fueron cómplices menores del crimen. La razón del repentino crecimiento explosivo de los microbios, según muestra la evidencia, puede haber sido su nueva capacidad de utilizar una rica fuente de carbono orgánico, ayudado por un flujo repentino de un nutriente requerido para su crecimiento: el níquel, emitido por un vulcanismo masivo justo en ese momento.

La solución a este misterio fue publicado en las Actas de la Academia Nacional de Ciencias (Proceedings of the National Academy of Science) por el profesor del MIT de geofísica Daniel Rothman, postdoctorado Gregorio Fournier, y otros cinco investigadores del MIT y en China.

Los depósitos de carbón muestran que algo causó un repunte significativo en la cantidad de gases que contienen carbono —dióxido de carbono o metano— producidos en el momento de la extinción masiva. Algunos investigadores han sugerido que estos gases podrían haber sido lanzados por las erupciones volcánicas que produjeron las trampas siberianas, una vasta formación de roca volcánica producidas por las más extensas erupciones en el registro geológico de la Tierra. Pero los cálculos realizados por el equipo del MIT demostraron que estas erupciones no fueron suficientes para explicar el carbono que se observa en los sedimentos. Aún más importante, los cambios observados en la cantidad de carbono en el tiempo no se ajustan al modelo volcánica.

«Una inyección inicial rápida de dióxido de carbono de un volcán sería seguida por una disminución gradual», dice Fournier. «En cambio, vemos lo contrario: un aumento rápido y continuo. Eso sugiere una expansión microbiana», añade. El crecimiento de las poblaciones microbianas es uno de los pocos fenómenos capaces de aumentar la producción de carbono de manera exponencial, o incluso más rápido.

Pero si eran organismos vivos los que emitían todo ese metano, ¿qué organismos eran?, y ¿por qué eligieron a hacerlo en ese momento?

Ahí es donde el análisis genómico puede ayudar: Resulta que Methanosarcina había adquirido un medio particularmente rápido de producción de metano a través de la transferencia de genes de otro microbio; y el mapeo detallado del equipo de la historia del organismo ahora muestra que esta transferencia ocurrió alrededor de la época de la extinción de finales del Pérmico. (Los estudios anteriores habían colocado este evento en algún momento de los últimos 400 millones de años). Al haberse dado las condiciones adecuadas, esta adquisición genética preparó el escenario para que el microbio se sometiera a una etapa de crecimiento espectacular, consumiendo rápidamente una gran reserva de carbono orgánico en los sedimentos oceánicos.

Pero hay una pieza final en el rompecabezas: Esos organismos no habrían sido capaces de proliferar tan prodigiosamente si no hubieses tenido suficiente cantidad de nutrientes minerales adecuados para apoyarlos. Para este microbio en particular, el nutriente limitante es el níquel. Y un nuevo análisis de sedimentos en China mostró que aumentó dramáticamente tras las erupciones de Siberia (que ya se sabe que han producido algunos de los mayores depósitos mundiales de níquel). Estas erupciones proporcionaron el combustible para el crecimiento explosivo de Methanosarcina.

La explosión de metano habría aumentado los niveles de dióxido de carbono en los océanos, lo que resulta en la acidificación del océano; similar a la acidificación predicha por el cambio climático inducido por el hombre. Una evidencia independiente indica que los organismos marinos con conchas muy calcificadas fueron eliminados preferentemente durante la extinción de finales del Pérmico, lo cual es consistente con la acidificación.

«Mucho de esto está basado en el análisis de los isótopos de carbono», dice Rothman, que es excepcionalmente fuerte y claro en esta parte del registro geológico. «Si no hubiera sido una señal tan inusual, sería más difícil eliminar las otras posibilidades.»

John Hayes, investigador de la Institución Oceanográfica Woods Hole, quien no participó en la investigación, dice que esta obra es «una notable combinación de física, bioquímica y geoquímica. Se agiganta al cabo de años de trabajo excepcional y paciente que ha proporcionado una escala de tiempo altamente refinada para los acontecimientos que acompañaron el conjunto más severo de extinciones en la Tierra».

Hayes añade que la identificación del equipo de un organismo que puede haber sido responsable de muchos de los cambios es «la primera vez que el inicio explosivo de un proceso único ha sido reconocido de esta manera, y añade un muy importante detalle para nuestra comprensión de la extinción».

 

 

Si bien una línea única de evidencias no puede demostrar exactamente lo que sucedió en esa antigua mortandad, dice Rothman, quien también es codirector de Lorenz Center del MIT, «el impacto acumulativo de todas estas cosas es mucho más poderoso que cualquiera en forma individual.» Si bien no demuestra de manera concluyente que lo hicieron los microbios, descarta algunas teorías alternativas, y se convierte en un caso fuerte y consistente, dice.

La investigación fue financiada por la NASA, la Fundación Nacional de Ciencias, la Fundación de Ciencias Naturales de China, y el Programa Nacional de Investigación Básica de China.

Fuente: Daily Galaxy. Aportado por Eduardo J. Carletti

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Habitabilidad de la Tierra: más de 1.000 millones de años

Dos grupos de investigadores extienden la habitabilidad de nuestro planeta durante más de 1.000 millones de años a partir del presente

Hay ciertos temas que se ponen de moda en el mundo científico, sobre todo después del tiempo que sigue después de haber sido “descubiertos”. Uno de ellos es la habitabilidad que tendrá la Tierra en un futuro. Recientemente se han realizado varios estudios al respecto.

Cuando pensamos en la habitabilidad de este planeta a largo plazo siempre pensamos en términos astronómicos. Así, por ejemplo, una vez supimos sobre la vida de las estrellas, calculamos la edad del Sol (una estrella de baja masa) y cuándo le queda por brillar. Dentro de unos 5.000 millones de años, cuando empiece a agotarse su combustible termonuclear, se convertirá en una gigante roja y engullirá a Venus y posiblemente la Tierra. Curiosamente, eso no significa la destrucción total de ambos planetas, pues sus núcleos rocosos sin vida quedarán siempre.

Lo que sí estaba claro es que la vida sobre la Tierra quedaría eliminada al empezar esta fase de nuestra estrella. Porque, en un ejercicio de tremendo optimismo, se creía que la vida duraría todo ese lapso. Pero no parece que sea así, el “último día perfecto sobre la Tierra” que mencionaba Carl Sagan en su Cosmos no es tan lejano.

La astrofísica no solamente nos sirve para saber cómo son las galaxias lejanas a las que jamás viajaremos o cómo pueden ser los planetas que orbitan alrededor de otras estrellas. También nos sirve para entender mejor nuestro mundo y entorno. También el clima y la vida que nos rodea. Además nos hace recapacitar sobre nosotros mismos y nuestro papel en el cosmos. Toda ciencia no hace nada más que eso, la tecnología es sólo un subproducto útil de esa búsqueda del saber.

El estudio de las zonas de habitabilidad de las estrellas y los posibles planetas que pueda haber en ellas nos ha llevado a la conclusión de que la Tierra se encuentra muy cerca del borde interior de la zona habitable del Sol. Las estrellas como el Sol se hacen cada vez más brillantes, por lo que llegará un momento en el que la zona habitable se desplace hacia el exterior y deje a la Tierra fuera de ella y demasiado expuesta a la radiación solar, por lo que sería demasiado caliente como para sustentar la vida.

El excesivo calor evaporaría el agua terrestre, aumentaría entonces el efecto invernadero, aumentaría la temperatura, se disociarían las moléculas de agua, y se tendría un planeta similar a Venus miles de millones de años antes de que el Sol se transforme en gigante roja.

Un misterio que todavía no ha sido resuelto bien es cómo consiguió escapar la Tierra de la congelación total hace miles de millones de años, cuando el Sol era un 20-25% menos brillante. Es lo que se conoce como la paradoja del Sol joven. Se han propuesto soluciones, que generalmente tienen en cuenta aspectos climáticos y de interacción entre la tectónica y los gases de efecto invernadero. En algunos estudios se han podido incluso medir las relaciones isotópicas de ciertos elementos en las microburbujas de aire atmosférico atrapadas en rocas de hace miles de millones de años.

Aunque se podría argumentar que nuestros modelos estelares son demasiado simples, las realidad es que las estrellas son simples y que se pueden comprobar en los millones de estrellas que podemos observar. En todo caso, son los modelos estelares con los que contamos, aunque con seguridad son mejorables.

También se ha podido comprobar recientemente el papel de la tectónica sobre el agua de los océanos, y cómo gran parte pasa al manto terrestre. Esto permite que planetas rocosos como la Tierra, pero de mayor tamaño, puedan tener continentes y una habitabilidad igual o mejor que la de nuestro mundo, tal y como se ha sabido recientemente.

La actividad volcánica y la formación y meteorización de rocas controla el ciclo geológico del carbono a largo plazo y, con ello, la cantidad de dióxido de carbono en la atmósfera y su consecuente efecto invernadero. Incluso la misma vida modifica las condiciones de habitabilidad de la Tierra con su propia existencia y sus acciones sobre el medio.

El caso es que hay tanto factores de evolución estelar como aspectos climáticos, geológicos y biológicos que determinan la habitabilidad de nuestro mundo. Las predicciones que se hagan sobre tiempos futuros remotos dependen de lo que conozcamos en el momento y de lo bien que se tengan en cuenta todos estos aspectos. Puede que haya algo que ahora no vemos o no tengamos en cuenta, y que cambie estas predicciones algún día, pero es así como funciona la ciencia: elabora la mejor predicción en un momento dado con la información que se dispone.

Dos estudios nuevos sobre la habitabilidad de nuestro mundo sugieren que el Sol no evaporará toda el agua terrestre en 1.000-1.500 millones de años a partir de ahora, por lo que será habitable todo ese tiempo.

En otros estudios anteriores, como el de Ravi Kopparapu (Pennsylvania State University) y sus colaboradores, se llegaba a la conclusión de que sólo un 6% más de radiación solar situaría a la Tierra en un efecto invernadero descontrolado. Como el Sol se hace un 1% más brillante cada 100 millones de años sólo habría vida durante otros 600 o 700 millones de años, que es poco más que el periodo de tiempo durante el cual ha habido vida compleja en la Tierra.

La clave está en el efecto invernadero húmedo, según el cual el vapor de agua alcanza gran altura en la atmósfera y allí es disociado por la luz solar en hidrógeno y oxígeno, que escapan al espacio exterior.

Pero según Eric Wolf (Universidad de Colorado) el modelo de Kopparapu es demasiado simple al tener en cuenta sólo la altura (es un modelo 1D) y excluir el papel de las nubes. Wolf y Owen Brian Toon han usado un modelo climático 3D desarrollado en el National Center for Atmospheric Research en su estudio. En ese modelo se tienen en cuenta esos factores y otros que le hacen más preciso. Asumen una concentración de 500 ppm de dióxido de carbono (superior al nivel actual) que se mantiene constante a ese nivel de manera indefinida. Además, el modelo tiene en cuenta factores como que los desiertos radian mucho calor al espacio.

Según este modelo, cuando el Sol se haga un 15,5% más brillante que hoy en día, la Tierra se calentará demasiado como para mantener agua líquida y la vida desaparecerá para siempre. Eso se traduce en unos 1.500 millones de años más para que la vida siga evolucionando. La vida podría sobrevivir en sus últimos tiempos en las regiones polares y finalmente ser solamente microbiana.

El otro estudio es de Jérémy Leconte (Universidad de Toronto) y sus colaboradores. En su modelo también se tiene en cuenta el papel de las nubes, pero las trata de un modo diferente. Llega a la conclusión de que la Tierra será habitable durante otros 1.000 millones de años.

Sin embargo, puede que se haya subestimado el periodo de habitabilidad en ambos casos. En los dos estudios se mantienen niveles de dióxido de carbono constantes, pero si la Tierra se calienta, también aumenta la formación de rocas carbonatadas, que se forman al fijar dióxido de carbono atmosférico, por lo que se reduce la concentración de este gas en la atmósfera y se reduce el efecto invernadero. Normalmente este gas es devuelto a la atmósfera por el vulcanismo, pero se espera que la actividad volcánica no aumente con el tiempo.

Pero otro problema de estos dos modelos es que no tienen en cuenta las respuesta de la vida misma a estos cambios y, por tanto, no se puede afirmar con seguridad por cuanto tiempo podrá sobrevivir.

Finalmente estos estudios limitan la definición de zona habitable. Según los resultados de Kopparapu, dicha zona en nuestro Sistema Solar empezaría en las 0,97-0,99 UA, por lo que la Tierra estaría casi en el borde (1 UA).

Si se asumen los nuevos resultados, dicha zona empezaría en las 0,93 UA y las 0,95 UA respectivamente. Extrapolando estos datos, significaría que en la galaxia habría de un 5% a un 6% más planetas habitables de lo que previamente se pensaba.

De todos modos es curioso el caso de unos seres capaces de pensar en términos de miles de millones de años de supervivencia de la vida cuando esta está amenazada ya por su culpa.

Fuente: Neofronteras. Aportado por Eduardo J. Carletti

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