Flash Gordon ayuda a combatir el autismo

La cantidad de operaciones de entrada / salida son una medida importante para la computación intensiva de datos, que indica la capacidad de un sistema de almacenamiento para comunicarse rápidamente entre un sistema de procesamiento de información, tal como una computadora, y el mundo exterior. Las operaciones de entrada / salida especifican la rapidez con que un sistema puede recuperar los datos organizados al azar que son comunes en grandes conjuntos de datos y procesarlos por medio de aplicaciones de análisis de datos

Las hazañas de este superordenador récord no son una sorpresa. Después de todo, el sistema lleva el nombre de un héroe de cómic, Flash Gordon.

La arquitectura nueva y única de Gordon emplea cantidades masivas de memoria tipo flash, común en los teléfonos móviles y ordenadores portátiles; de ahí el nombre. El sistema es utilizado por científicos cuya investigación requiere la análisis, búsqueda y/o creación de grandes bases de datos para su uso inmediato, o un uso posterior, incluyendo mapeo de genomas para aplicación en la medicina personalizada, y para examinar la automatización informática de la negociación bursátil de las empresas de inversión de Wall Street.

Por encargo de la Fundación Nacional de Ciencia (NSF) de EEUU en 2009 por us$ 20 millones, Gordon es parte del Extreme Science and Engineering Discovery Environment de la NSF, o programa XSEDE, una asociación a nivel nacional en EEUU que consta de 16 computadoras de alto rendimiento y recursos de alta calidad de visualización y de análisis de datos.

«Gordon es una máquina única en la Advanced Cyberinfrastructure/XSEDE de NSF», dice Barry Schneider, director del programa NSF para ciberinfraestructura avanzada. «Fue diseñado para manejar problemas científicos que implican la manipulación de grandes tamaños de datos. Se diferencia de la mayoría de otros recursos en que apoyamos el tener una gran memoria de estado sólido, 4 GB por núcleo, y la capacidad de simular un gran sistema de memoria compartida con software».

El mes pasado, un equipo de investigadores de SDSC, el Instituto Pasteur de los Estados Unidos y de Francia, informaron en la revista Genes, Brain and Behavior que utilizaron Gordon para idear una nueva forma de describir una función del tiempo de proceso de la expresión de genes en el cerebro que se puede utilizar para guiar el desarrollo de tratamientos para los trastornos mentales como trastornos del espectro autista y la esquizofrenia.

Los investigadores identificaron el árbol jerárquico de los grupos de genes coherentes y redes de factores de transcripción que determinan los patrones de genes expresados durante el desarrollo del cerebro. Ellos encontraron que algunos «factores de transcripción» maestro en el nivel superior de la jerarquía regulan la expresión de un número significativo de grupos de genes.

Los resultados de los científicos se pueden utilizar seleccionar los factores de transcripción que podrían ser objeto en el tratamiento de trastornos mentales específicos.

«Vivimos en un especial momento en que han sido extraídas y almacenadas enormes cantidades de datos relacionados con los genes, ADN, ARN, proteínas y otros objetos biológicos», dijo el autor principal, Igor Tsigelny, un investigador científico en SDSC, así como en el Moores Cancer Center de la Universidad de California en San Diego, y su Departamento de Neurociencias.

«Puedo comparar este momento con la situación en que el mineral de hierro se extrae de la tierra y se almacena en montones en el suelo. Todo lo que necesitamos es transformar los datos en conocimiento, como el mineral en acero. Sólo las supercomputadoras y las personas que saben qué hacer con ellas hará que sea posible esa transformación», dijo.

Fuente: Science Daily. Aportado por Eduardo J. Carletti

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